他早年曾长期在辽宁省工作，直到2010年从沈阳市政府办公厅政法处处长的岗位上跨省调任四川省环境保护厅副厅长。其后，于会文又赴攀枝花工作，并于2016年从攀枝花市委副书记的岗位上回到四川省环境保护厅，先后任党组成员、副书记、党组书记，次年1月任四川省环境保护厅厅长。机构改革后，于会文出任四川省生态环境厅厅长。

　　2019年12月，于会文调任重庆市大足区委书记，并于2021年8月转任渝北区委书记，次年5月当选为重庆市委常委，后兼任万州区委书记。